OCTA

COGNAC

COarse-Grained molecular dynamics program by NAgoya Cooperation

COGNAC は、原子結合を考慮した詳細な分子モデルから、ビーズスプリングモデル のような粗視化した分子モデルまでを対象にした，汎用の分子動力学シミュレーション プログラムである。COGNACにはLenard-Jones,Gay-Berne,Coulombなどの多くの ポテンシャル関数が用意されているが，ユーザが新らしいポテンシャル を付け加えることも容易である。 COGNACは、定温条件、定圧条件、伸長やずりなどの変形、 電場印加などのさまざまな条件の下でのシミュレーションを行うことができる。 さらにCOGNACはズーミングのための特別な機能を備え、 SUSHIによる平均場計算でえられたセグメント濃度分布から， 対応する分子の3次元構造を生成することができる。

基本機能

  • - 分子動力学 (全原子、粗視化 (
    /ランジュバンダイナミクス/DPD (散逸粒子動力学)
    /エネルギー最小化
  • - ポテンシャル:
    2-4体 結合ポテンシャル
    非結合相互作用, e.g. LJ, GB, Coulomb
    外場, e.g. 電場, 固体壁
  • - アンサンブル : NVE/NVT/NPH/NPT と 非平衡ダイナミクス
  • - 化学反応
  • - 初期構造生成, e.g. amorphous, helix, crystal
  • - ズーミングのための機能
  • - 並列計算機能 (OpenMP)
  • - データコンバータ (LAMMPS, PDB)

応用例

  • - 相分離した高分子の鎖のコンフォメーション解析
  • - 高分子ブレンドの界面の力学的性質の研究
  • - 結晶性高分子の力学的性質の研究
  • - 網目高分子の弾性率の計算
  • - クレイー高分子ナノコンポジットへの応用
  • - 微小空間内の高分子のダイナミクスの研究
  • - 液晶の相転移の研究
  • - 高分子電解質の中のイオン輸送の研究

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